Wanneer de 28-jarige, beginnende journaliste Shiori Itō in mei 2017 naar buiten treedt met haar verkrachtingsbeschuldiging tegen de vertrouweling en biograaf van toenmalig premier Shinzo Abe, voelt ze dat ze geen andere keuze heeft om verandering te brengen in Japan's ouderwetse wetten rondom seksueel geweld. Haar persconferentie schokt het publiek in een samenleving waar het als beschamend wordt gezien om over zulke zaken te spreken.
Binnen enkele dagen belandt Shiori midden in de Japanse politieke storm: rechts beschouwt haar als een bedreiging voor de regering-Abe, terwijl links haar als een heldin ziet, juist om diezelfde reden. Doodsbedreigingen, cyberpesten en haatmail duwen Shiori in een neerwaartse spiraal. Wanneer ze een civiele zaak aanspant, verklaart de beschuldigde haar de totale oorlog. Vastbesloten om geen verkeerd voorbeeld te stellen voor andere slachtoffers, zet Shiori door met haar zaak en besluit ze een boek te schrijven over haar ervaring. Haar boek betekende het begin van de #MeToo-beweging in Japan. Met haar eigen regie en uiterst persoonlijke materiaal, legt Black Box Diaries Shiori’s bewogen reis vast. De film gaat verder dan de krantenkoppen en laat zien hoe het is om in haar schoenen te staan. Als slachtoffer én journalist die haar eigen zaak onderzoekt, laat Shiori zien dat haar strijd niet alleen om maatschappelijke verandering gaat, maar ook een manier is om haar kracht terug te vinden en zichzelf staande te houden.